U．C．0093年3月，随着夏亚·亚兹纳布尔攻击地球的计划被朗德·D1尔队阻止，新吉恩与地球联邦间的战火亦逐渐平息。但联邦始终未能完全统一地球圈，直至0100年．联邦军方以新吉恩残党及新奥古联军叛乱等事件为由，使SIDE3的吉恩共和国放弃自治权，而宣布已完全消灭战乱，从此将建立一个安定、和平的地球圈。
然而，联邦自身却并无多大改善，一天天持续着向官僚主义及特权主义的堕落，甚至欲制订法案，让地球变成少数特权阶级居住的场所。对了对付非法在地球居住的平民百姓，成立特殊警察“AIEN HUNTER”用武力强行驱逐或干脆实行杀戮。
在这种局面下，一位联邦军的老将军匿名为库瓦克·萨尔瓦，建立起秘密反政府组织“马法狄·纳比尤·艾林”(由苏丹、阿拉伯及古爱尔兰语合成的名字)，针对联邦高官菜开了暗杀等一系列恐怖活动。联邦军内素有声望的布莱德大校之子哈萨维·诺亚，也加入了这一组织，并担任重要职责……
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